Cette nouvelle saison, AKB0048 Next Stage, est la suite de la saison 1, AKB0048.
Les stagiaires d'AKB0048 ont réussi à devenir des stars et elles sont connues presque dans toutes les galaxies.
Durant un concert donné par le groupe, Tsubasa décide de remettre en place le Center Nova. Suite à cette déclaration, tous les AKB0048 se demandent qui prendra cette place.
Après le concert, les jeunes filles sont en vacance. Un évènement inattendu survient pendant leurs séjours : Sonata, Chieri et Yuki sont capturés par les anti-divertissements et sont emmenées devant un tribunal. Les AKB0048 vont tout faire pour les libérer...
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