Au 21e siècle une guerre interplanétaire a endommagé l'écosystème de la Terre, et l'humanité se retrouve forcée de coloniser les différentes planètes existantes. Dans cette nouvelle société les divertissements sont interdits car ils "perturbent le cœur". 
48 ans plus tard, le groupe d'idols "légendaire" AKB48 est ressuscité sous le nom de AKB0048, ses membres étant de ce fait considérées comme des terroristes ; elles se retrouvent donc à prendre les armes pour défendre leur rêve et leurs fans!
 
Sur Lancastar, Nagisa, Yûka, Orine et Chieri vont voir le concert d'AKB0048 en secret ; à présent les quatre jeunes filles n'auront qu'un seul souhait : rejoindre le groupe ! Quatre années plus tard, les sélections pour choisir les nouvelles membres de la 77ème "génération" du groupe ont lieu...

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Cette nouvelle saison, AKB0048 Next Stage, est la suite de la saison 1, AKB0048.

Les stagiaires d'AKB0048 ont réussi à devenir des stars et elles sont connues presque dans toutes les galaxies.
Durant un concert donné par le groupe, Tsubasa décide de remettre en place le Center Nova. Suite à cette déclaration, tous les AKB0048 se demandent qui prendra cette place.
Après le concert, les jeunes filles sont en vacance. Un évènement inattendu survient pendant leurs séjours : Sonata, Chieri et Yuki sont capturés par les anti-divertissements et sont emmenées devant un tribunal. Les AKB0048 vont tout faire pour les libérer...

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