Jin-tan, Anaru, Yukiatsu, Tsuruko, Poppo et Menma sont 3 jeunes filles et 3 jeunes garçons vivant à la campagne. Ils sont inséparables et sont de très bons amis d'enfance.

Seulement, suite à un tragique accident qui a coûté la vie de Menma, le groupe d'amis se brise. Chacun a continué sa vie de son côté et a choisi sa propre voie : Anaru passe la plupart de son temps avec ses amies, Poppo rêve de voyage, Yukiatsu et Tsuruko sont dans le même lycée et restent toujours ensemble et Jin-tan est devenu un Hikikomori.

L'esprit de Menma revient chez Jintan en été sans savoir pourquoi, et réalisera sa mort lorsqu'elle ira chez elle.
Jintan est le seul à voir Menma, pensant que c'est à cause de son traumatisme dû à la disparition de cette dernière, dit alors qu'elle n'est qu'une hallucination. Mais malgré cela, il va tout faire pour réaliser le souhait de la jeune fille disparue, et reformer leur groupe d'amis, les « Super défenseurs de la paix ». Ils pensaient que Jintan était devenu fou, mais réaliseront que leur désir de réaliser le vœu de leur amie défunte, est bien réel et que leur ami Jintan, ne mentait pas en disant la voir et lui parler. 

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